Każdy WIOŚ na swojej stronie internetowej zamieścił informacje na temat pracy w trakcie trwania epidemii COVID-19. Ustalenia te zależą indywidualnie od włodarzy. I tak, niektóre urzędy funkcjonują w miarę normalnie, tzn. przyjmują petentów z zachowaniem zasad ochrony przed COVID-19, a inne skupiły się na pracy w terenie.

W czasie pandemii COVID-19 nie zmieniła się praca WIOŚ w zakresie przeprowadzanych kontroli planowych, inwestycyjnych i interwencyjnych. Zmiany nastąpiły jedynie w przypadku niektórych zasad funkcjonowania i przyjmowania petentów w urzędach.