Postępowanie administracyjne w celu uzyskania pozwolenia zintegrowanego trwa znacznie dłużej niż w przypadku pozwoleń sektorowych. Zgodnie z przepisami, podmiot powinien otrzymać decyzję w ciągu 6 miesięcy od dnia złożenia wniosku. Zastosowanie ma tutaj jednak art. 35 § 5 Kodeksu postępowania administracyjnego, który mówi o tym, że postępowanie może ulec wydłużeniu np. z powodu oczekiwania na uzyskanie uzgodnień czy opinii, opóźnień z winy strony lub z przyczyn niezależnych od organu. Warto mieć zatem na uwadze długi czas toczącego się postępowania, planując działania związane z rozpoczęciem eksploatacji instalacji wymagającej pozwolenia zintegrowanego.