Ubiegając się o wydanie pozwolenia zintegrowanego, podmiot musi uiścić zarówno opłatę skarbową za otrzymanie decyzji, jak i opłatę rejestrową. Wniesienie ww. opłat jest warunkiem rozpatrzenia wniosku, zatem do dokumentów składanych do organu konieczne jest dołączenie potwierdzeń uiszczenia opłat.