Wody Polskie są odpowiedzialne za sporządzanie, aktualizowanie i uzgadnianie wielu projektów dokumentów planistycznych. Procedura uzgadniania dokumentów dotyczących planowanej zabudowy lub planowanego zagospodarowania terenu, znajdującego się na obszarach szczególnie zagrożonych powodzią została uwzględniona w ustawie Prawo wodne. W praktyce oznacza to, że wnioskodawca występuje do właściwego miejscowo dyrektora regionalnego zarządu gospodarki wodnej Wód Polskich o uzgodnienie projektu określonych w ww. ustawie dokumentów planistycznych. Odmowa pozytywnego dla wnioskodawcy uzgodnienia stanowi przesłankę do odmowy wydania decyzji.