Największe instalacje, np. fabryki czy elektrownie, muszą uzyskać pozwolenie zintegrowane. Pozwolenie zintegrowane to najtrudniejsza decyzja w polskim systemie ochrony środowiska. Wojewódzki inspektor ochrony środowiska wstrzyma, w drodze decyzji, użytkowanie instalacji eksploatowanej bez wymaganego pozwolenia zintegrowanego. Powyższej decyzji nadaje się rygor natychmiastowej wykonalności.